دانشگاه‌ها و واحدهای پژوهشی بعد از تصويب امكان تأسيس شركت‌هاي دانش بنيان در آيين‌نامه‌ی مالی و معاملاتي خود در هيئت امنا، مي‌توانند شرکت دانش بنیان خود را تشکیل دهند. هر شركت دانش بنيان به پيشنهاد تعدادی از اعضای هيئت علمی و تصويب دانشگاه يا واحد پژوهشی به اعضای هيئت علمی پيشنهاد می‌شود.
دانشگاه‌ها و واحدهای پژوهشی به صورت‌های زير می‌توانند در شركت‌های دانش بنيان سهام‌دار باشند:
حداقل ۵ درصد از سهام شركت دانش بنيان به جهت اعتبار دانشگاه يا واحد پژوهشی، به نام دانشگاه يا واحد پژوهشی می‌شود
بخشی از سهام شرکت با توافق سهام‌داران به نام دانشگاه یا واحد پژوهشی می‌شود
به دلیل سرمایه‌گذاری مستقیم دانشگاه، بخشی از سهام شرکت دانش بنیان متناسب با میزان سرمایه‌گذاری به نام دانشگاه می‌شود
به دلیل خدمات دیگری که دانشگاه به شرکت دانش بنیان می‌دهد، بخشی از سهام متناسب با میزان خدمات به نام دانشگاه می‌شود
اگر شرکت دانش بنیان دولتی باشد، حداقل ۵۰ درصد سهام بدون نیاز به ارائه‌ی هیچ خدماتی به نام دانشگاه یا واحد پژوهشی است
هر دانشگاه می‌تواند در سال نخست یک شرکت مادر تخصصی راه‌اندازی کند
ایجاد شرکت دانش بنیان با همکاری شهرداری‌ها یا مشارکت دانشگاه‌های منطقه در اولویت است
تبصره‌ی ۱: شرکت دانش بنیان مستقل از تشکیلات دانشگاه اداره می‌شود و دانشگاه به میزان سهام خود در مدیریت، سود و زیان آن شریک است.
تبصره‌ی ۲: سازمان‌های حقوقی (خصوص یا دولتی) متناسب با میزان سرمایه‌گذاری خود می‌توانند سهام شرکت را خریداری کنند.
تبصره‌ی ۳: رئیس و معاون‌های دانشگاه و واحد پژوهشی می‌توانند سهام‌دار شرکت دانش بنیان شوند، اما نمی‌توانند هیئت مدیره یا مدیرعامل شرکت باشند.
تبصره‌ی ۴: در شرکت‌های دانش بنیان خصوصی، اعضای هيئت علمی دانشگاه‌ها و واحدهای پژوهشی متناسب با میزان وقت گذاری، سهام‌دار شرکت می‌شوند.
تبصره‌ی ۵: در شرکت‌های دانش بنیان خصوصی، افراد حقیقی داخل یا خارج دانشگاه می‌تواند طبق شرایط دانشگاه صاحب بخشی از سهام شوند.
تبصره‌ی ۶: در شرکت‌های دانش بنیانی که اعضای هیئت علمی صد درصد مالکیت را دارند، نیازی به تصویب دانشگاه نیست. احراز عضویت علمی متقاضیان شرکت کافی است.
حمایت‌ها و تسهیلات شرکت‌های دانش بنیان
معافیت از پرداخت مالیات، عوارض، حقوق گمرکی، سود بازرگانی و عوارض صادراتی به مدت ۱۵ سال
تأمین تمام یا بخشی از هزینه‌ی تولید، عرضه یا به‌کارگیری نوآوری و فناوری با ارائه‌ی تسهیلات کم‌بهره یا بدون بهره بلندمدت و کوتاه‌مدت
اولویت استقرار واحدهای پژوهشی، فناوری و مهندسی و توليدی شرکت‌های دانش بنیان در محل پارک علم و فناوری، مراکز رشد، مناطق ویژه‌ی اقتصادی یا مناطق ویژه‌ی علم و فناوری
اولویت واگذاری تمام یا بخشی از سهام مراکز و مؤسسات پژوهشی دولتی قابل واگذاری بر اساس قانون
ایجاد پوشش بیمه‌ی مناسب برای کاهش خطرپذیری محصولات دستاوردهای دانش، نوآوری و فناوری در تمام مراحل تولید، عرضه و به‌کارگیری